2013年1月15日，学校十一届二次党委常委会议根据刘杰副指挥长的汇报，原则上通过新校区建设指挥部内设机构设置方案：学校党委常委会和校务会议是新校区建设重大事项的最高决策机构；新校区建设指挥部是独立设置的二级单位，在学校党委、行政直接领导下具体负责新校区建设相关工作，下设若干部门，在指挥部统一领导下落实新校区建设的各项具体工作。前期设立综合部、建设部和规划部，后期则根据工作需要再设立招标采购部、财务部、教职工住宅三期工作部等机构，工作人员全部为专职管理岗位编制；同时，成立新校区建设监控中心，下设监察审计部和法律事务部，工作人员暂以校内对应处室人员兼职为主，配合新校区建设进展开展相关工作。